Είχε προηγηθεί η σύλληψη τεσσάρων ισλαμιστών εξτρεμιστών – οι δύο εκ των οποίων ήταν επίδοξοι καμικάζι- μετά από έφοδο στο κρησφύγετό τους λίγο έξω από τη ρωσική πρωτεύουσα από πράκτορες της Ομοσπονδιακής Υπηρεσίας Ασφαλείας (FSB), διαδόχου της διαβόητης KGB.
Πηγές των ρωσικών μυστικών υπηρεσιών είπαν ότι τις διαταγές για την επίθεση είχαν δώσει ηγετικά στελέχη του λεγόμενου «Ισλαμικού Κράτους» στη Συρία κι ότι ο πυρήνας των τρομοκρατών σχεδίαζε κτυπήματα σε μέσα μαζικής μεταφοράς και σε πολυσύχναστα εμπορικά καταστήματα σε διάφορα σημεία της Μόσχας.
Στο λημέρι τους βρέθηκε ένα ολόκληρο οπλοστάσιο με χειροβομβίδες, τουφέκια και υλικά για την κατασκευή βόμβας υπεροξειδίου του υδρογόνου, που αποκαλείται «Μητέρα του Σατανά» λόγω της τρομακτικής ισχύος των εκρηκτικών υλών.